据福建省港航管理局统计，2014年全年，闽台海上客运直航共运送旅客171万人次，同比增长达12%，也创年度新高。其中，“小三通”客运直航共运送旅客156万人次，同比增长11%；闽台客滚运输共运送旅客约15万人次，同比增长15%。
　　目前，闽台“小三通”客运航班每天有46班，其中厦金航线每天36班，泉金航线（泉州－金门）每天8班，两马航线（马尾－马祖）每天２班。
　　自2001年开通以来，到2014年12月底，闽台“小三通”客运航线共运送旅客1251.8万人次。其中厦金航线运量最大，达1127万人次，成为两岸海上客运直航的主通道。
　　如今，闽台海上客运直航航线已实现了福州、厦门、泉州、平潭综合实验区与台北、基隆、高雄、台中市以及金门、马祖的双向对接。